線画レイヤーの下に新規レイヤーを作り、[自動選択ツール]で選択→[選択範囲を拡張(1px)]→[塗りつぶし]を繰り返して、パーツごとにレイヤーを分けていきます。
塗り残しがわかりやすいように、一番下のレイヤーは暗めのグレーで塗りつぶし、パーツごとの塗り分けも鮮やかな色を使います。