コピー用紙にシャープペンシルで描いた下書きをスキャナーで取り込み、Photoshopで開きます。
下書きが複数ある場合などは、[レイヤー]→[新規]→[グループ]でグループを作成してひとつのグループにまとめます。

[色相・彩度]などを使って下書きの色を変えたら、PSD形式で保存します。